Aydın şehrinde müze kurma fikri 1948’lerde ortaya atılır. Ancak daha önce Osman Hamdi Bey’in Müze Müdürlüğü sırasında 1888’lerde Aydın’da bir müze memurunun görev yaptığı bilinmektedir. Aydın Valiliği 29.06.1948 tarih ve 2867 sayılı yazısıyla Müze kurulması talebi ile Maarif (Milli Eğitim) Bakanlığı’na başvurur. Bakanlığın 12.07.1948 tarih ve 1951 sayılı yazısıyla eserlerin toplanmasını ve müze binası için yer gösterilmesini ister. 1950 yılında Öğretmen Hüseyin Hilmi Bayındır ve Sami Ersoy’un tekliflerine bakanlık olumlu cevap vererek eserlerin Erkek Sanat Enstitüsü’nde toplanması için ödenek göndermiş, bu ödenekle eserler toplanmıştır.

Aydın’da ilk müze Aydın Halkevi’nin bir kolu olarak açılmıştır. Bu, Aydın Halkevi Müzesi, Halkevlerinin 08.08.1951 tarih ve 5930 no’lu kanunla kapatılması ile müze de kapatılmıştır. Bundan sonra Aydın’da müze kurma çabaları aralıksız devam etmiştir. Nihayet 16 Şubat 1959 tarihinde Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün 730.06.616 sayılı yazıları ile Öğretmen Kemal Moral’ın Müze Memurluğu’na getirilmesiyle Aydın Müzesi Depo Statüsünde kurulmuştur. 1962 tarihinde Zafer İlkokulu’na taşınır. Aydın Müzesi, Genel Müdürlüğün 20.04.1966 tarih ve 261.1.2148 sayılı kararları ile Arkeolog Ahmet İlhan Akşit’in atanmasıyla memurluk seviyesine yükseltilir. 17 Şubat 1969’da Arkeolog Şakire ERKANLI’nın Müze Müdürlüğü’ne atanmasıyla Aydın Müzesi 235 sayılı yazı ile Müdürlüğe yükseltilerek Aydın Müzesi Müdürlüğü ismini alır.1

Bu arada yeni müze binası yapımı için Milli Emlak Müdürlüğü’nden şimdiki binanın arsası tahsis edilerek 1967 yılında inşaata başlanılır. 1973 yılında Türkiye Büyük Millet Meclisi’nin açılışının 50.yılı olan 23 Nisan 1973’te özel bir törenle ziyarete açılır. Aydın Müzesi çeşitli tarihlerde tadilat nedeniyle ziyarete kapatılır. En son 1999-2003 yılları arasında tadilat ve yeni teşhir çalışmaları için kapatılmıştır.2 23 Mayıs 2003 tarihinde Müzeler Haftasında Kültür ve Turizm Bakanı Erkan Mumcu’nun ziyaretiyle halkın ziyaretine açılmıştır.3

Aydın Müzesi’nin çekirdeğini Halkevi Müzesi’nin eserleri teşkil etmiştir.4 Bugün, özellikle etnografya seksiyonundaki yöreye özgü etnografik, Arkeoloji seksiyonundaki Tralleis kökenli pişmiş toprak eserleri ve ayrıca Müzenin sorumluluk alanında bulunan sikke defineleriyle haklı bir övünç kaynağıdır. Özellikle Roma devrinde yapılmış olan Roma İmparatorları gümüş sikke koleksiyonu olan Kızıldere Definesi, her müzenin sahip olmak isteyip de sahip olamadığı bir definedir. Kızıldere Definesi (M.S.40-270) yılları arasında görev yapan 29 imparator ve 9 imparatoriçeden oluşmaktadır.5

Aydın Müzesi bugün 40 bine yakın envanterlik esere sahiptir. Geniş bir bahçe içerisinde yer alan müze binasında Aydın İl sınırları içerisinde yer alan Tralleis, Magnesia, Alinda, Alabanda, Nysa, Amyzon, Piginda, Harpasa, Myus, Pygela, Orthosia, Mastaura vb. antik kentlerden gelen çeşitli dönemlere ait taş eserler sergilenmektedir. Bu eserler, heykeller, lahitler, sütun ve sütun başlıkları, altarlar, mezar stelleri, İslâmi mezar taşları, mil taşları, yazıtlı ve kabartmalı stellerle çeşitli mimari parçalar sayılabilir.

Müze Arkeoloji, Nümizmatik (Sikke) ve Etnoğrafya bölümlerinden oluşturulmuştur.

Arkeolojik Eserler Bölümü
Eserler kronolojik bir sıraya göre sergilenmektedir. Prehistorik dönem eserlerinin yanı sıra, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı döneminin en güzel örneklerini görmek mümkündür. Bunlar, el baltaları, kesici ve delici aletler, idoller, ağırşaklar, pişmiş toprak seramik örnekleri, kandiller, mask ve heykelcikler, cam objeler, altın, gümüş ve bronzdan yapılmış takılar, tıp aletleri, makyaj malzemeleri ve silahlardır.

Hellenistik Dönem Tralleis heykeltraşçılığının en güzel örneklerinden bazıları: Athena büstü, Nike heykeli, Satyr heykeli, çeşitli heykel ve kabartmalar arkeoloji salonlarını süsler. Tralleis nekropolünde yapılan kurtarma kazılarında elde edilen çok sayıda terrakota, kandil, unguentarium ve oyuncak figürinler özel bir koleksiyon oluşturmaktadır.

Nümizmatik (Sikke) Eserler Bölümü
Grek, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu, Osmanlı gibi çeşitli dönemlere ait altın, gümüş, bakır ve bronz sikkeler sergilenmektedir.

Etnografik Eserler Bölümü
Bölgenin zengin halk sanat ürünlerinin sergilendiği bölümdür. Halı, kilim, cicim, sumak gibi dokuma örnekleri, efe kıyafetleri, sırmalı simli kadın kıyafetleri, oyalı yazmalar, tepelik, kemer, kolye, bilezik, küpe ve yüzük gibi gümüş takılar, hamam takımları, el yazması Kuran ve kitaplar, sigara ağızlıkları, kalyenler, tas, lenger, sahan, ibrik, sefer tası, kazan ve sini gibi bakır mutfak kapları, dibek, kahve değirmeni, kahve soğutacağı, takunya gibi ahşap eserler, kılıç, kama, çakmaklı tüfek, tabanca gibi silahlar sergilenmektedir.