Afyon’daki müzecilik çalışmalarına Cumhuriyetin ilk yıllarında kurulan Asar-ı Atika Muhipleri Cemiyeti’nin çalışmalarıyla başlanmıştır. Afyon yöresindeki eski eserler Gedik Ahmet Paşa Medresesi’nde toplanmış ve müze 1933 yılında açılmıştır. Müzenin kuruluşunda Öğretmen Süleyman Göncer’in büyük çabaları olmuş ve müzenin sorumlu yöneticiliğine getirilmiştir.

Müzenin ilk açılışında 160 parça eser bulunurken 1942 yılında bu sayı 3.000’i geçmiştir. Özellikle Kusura’da yapılan kazılarda çıkan eserler, müzede Kusura Buluntuları Salonunda sergilenmiştir. Bunun ardından Çavdarlıtepe buluntularının koleksiyonların zenginleşmesinde payı olmuştur. 1948 yılında da müzenin etnografya bölümü açılmıştır. 1970 yılına kadar karma müze olarak hizmet veren Afyon müzesi 1971 yılında Afyon Arkeoloji Müzesi olarak yeni yapılan binasına taşınmıştır. Bu müzede birbirine bağlı 9 sergi salonu, kitaplık, konferans salonu, 4 depo, fotoğraf atölyesi ve laboratuar bulunmaktadır.

Afyon Arkeoloji Müzesi içinde sandıklı-Kusura höyüğünün A tabakasından çıkan Geç Kalkolitik Dönem eserleri, Hacılar Erken Kalkolitik Çağ keramikleri, Isparta Gündürük Höyük, Karacaahmet, Balıkesir, Ergel ve Frigli Belde höyükleri buluntuları, Eski Tunç Çağının tanrı tasvirlerine ışık tutan Bavurdu’dan (Alanyurt) gelen kadın başlı testi, Kusura Höyüğü B katı ile Eskişehir Yazılıkaya (Mideion) Köyü’nden çıkan Eski Tunç Çağı buluntuları, Kusura Höyüğü, Şuhut, Çay, Emirdağ-Daydalı’da bulunan değişik mühürler, pişmiş topraktan örnekler, bıncuklar ve sunak gibi Hitit eserleri, Yazılıkaya’dan çıkarılan Frig çağına ait tunç fibulalar, taslar, demir ok ve mızrak uçları, 2 kybele heykeli sergilenmektedir. 

Ayrıca Afyon çevresinde sikke basan 18 antik kentten 14’üne ait sikkeler ile Helenistik ve Roma dönemine ait takılar Milas çevresinde bulunmuş MÖ.VIII.yüzyıl geometrik devir çanak çömlekleri, Çavdarlı-Kavalık Höyük yakınlarında bulunan ve Apollon’a sunulmuş adak heykelleri ile Bizans dönemlerine ait mermer mimari parçalar, sütun başlıkları ve yazıtlar sergilenmektedir. Ayrıca Roma ve Bizans dönemine ait Frig kaya tipi mezar taşları, anıt yazıtları, pazar fiyat listeleri, sütunlar, sütun başlık ve altlıkları, mimari parçalar, mermer ve pişmiş toprak lahitler, küpler, İsçehisar mermer ocaklarından çıkmış yarı işlenmiş antik parçalar ve büyük boy Herakles (Herkül) heykeli koleksiyonları tamamlamaktadır.