Depo Müze, Osmanlı İmparatorluğu’nun önemli mimari eserleri arasında yer alan saraylar, köşkler ve kasırlar, Cumhuriyetin ilanından sonra, içlerindeki her türlü eşyayla birlikte, TBMM’nin korumasına devredilerek “Millî Saraylar” adıyla kurumsallaşmış; başta Dolmabahçe Sarayı olmak üzere, Beylerbeyi Sarayı ve Yıldız Sarayı-Şale, Küçüksu, Ihlamur, Aynalıkavak ve Maslak Kasırları ile Florya ve Yalova’daki Atatürk Köşklerini bünyesinde toplamıştır. Beykoz Kasrı ve Filizi Köşk de daha sonradan Millî Saraylar korumasına bırakılmıştır.

Millî Saraylar bünyesindeki bu yapılar birer müze halinde tasarlanmış, müze içeriğine göre dekore edilmiş ve sürekli olarak ziyarete açık duruma getirilmişlerdir. Ne var ki, bu yapıların müzelere dönüştürülmeleri sürecinde önemli sorunlar ortaya çıkmış; kullanıldıkları dönemlerde, gerek günlük yaşam içinde, gerek özel günlerde işlevlerini yerine getiren kimi eşyalar, yeni tasarımlarında ve dekorasyonlarda kendilerine yer bulamamış ve farklı mekanlardaki depolara yerleştirilmişlerdir. Örneğin: pek çok sayıda porselen, cam, kristal ve gümüş sofra takımı, gözden uzak depolarda beklemek zorunda kalmıştır. Benzer biçimde, farklı zaman dilimlerinde yenilenme gereksinimi olan ipekli perdeler, tüller, havlu ve peçete takımları, izleyiciye kapalı mekanlarda koruma altında tutulmuşlardır. Ayrıca, sarayların teknolojik gelişmelere paralel olarak, havagazı, elektrik ve merkezi ısıtma sistemlerini kullanmaya başlamasıyla birlikte işlevini yitiren gümüş şamdanlar, gaz lambaları, kandiller; ısıtma araçlarından mangallar, muhtelif döküm ve çini sobalar, odunluk ve maşa takımları, depolarda saklanarak görülebilme olanaklarından yoksun kalmışlardır.

Dolmabahçe Sarayının bodrum katları ile tavan aralarında yer alan mekanlarda depolanabilen ve onbinlerle ifade edilen sayıdaki birçok objenin, olası deprem riskleri yanında, içerisinde bulundukları tarihi binanın iklimlendirme koşullarının yetersizliği ve günümüz müzecilik kriterlerine uygun koşullarda sergileme olanaklarından yoksun oluşu, Millî Saraylar Daire Başkanlığının tarihi kültür varlıklarının uygun koşullarda korunarak gelecek kuşaklara ulaştırılması misyonu doğrultusunda, TBMM Başkanlık Divanının 15 Aralık 2004 tarihli kararıyla, daha önce kültürel etkinliklere ev sahipliği yapan Dolmabahçe Kültür Merkezi’nin (Dolmabahçe Sarayı Matbah-ı Amire) Tahsis Yönetmeliği değiştirilerek, TBMM Başkanlığının onayıyla Depo Müze olarak düzenlenebilmesine olanak sağlanmış ve 23/11/2005 tarih ve 8561 sayılı TBMM Başkanlığı onayıyla projeye start verilmiştir. 

Depo Müze projesi, yaklaşık 2000 m2 alanın modern koşullarda bir koruma mekanına dünüştürülmesi anlamını taşıdığı gibi, buradaki eserlerin izleyiciye açılma olanağını da sunuyor. Isı ve nem miktarlarını sabitleyen, yangın sezim ve uyarılarına sahip ve güvenlik kameralarıyla izlenen sistemlerle donatılmak üzere projeleri hazırlanan bu mekan, depolama ve sergileme olarak iki bölüm içeriyor. Depo Müze’nin depolama bölümünde, ağır ve hafif yük raflarına yerleştirilmiş mobilyalar, ısıtma ve aydınlatma elemanları; olası deprem riskleri dikkate alınarak tasarlanmış kilitlenebilir ve mühürlenebilir kutularda, özel ambalajlanmış porselen, cam ve kristal objeler; özel boyutlandırılmış çelik çekmece ve kompakt dolap sistemlerinde, tekstil, perde ve muhtelif metal objeler, özel koruma koşullarında yer alıyor.

Sergileme bölümünde ise, özel tasarlanmış kapalı vitrin sistemleri ve açık sergileme standlarında, depolanan eserler arasından seçilen kristal-cam ve metal sofra takımlarına ait objeler, silahlar, muhtelif yazı takımları, porselenler, eski telefonlar, sinema makineleri, mutfak gereçleri, ısıtma araçları, perde kornişleri, ipek dokumalar ve minderler teşhir ediliyor. Müze’ye bağlı Dolmabahçe Sanat Galerisi’nde ise, dönemsel sergilere yer veriliyor.

Dönemin TBMM Başkanı Bülent ARINÇ tarafından 07 Temmuz 2006 tarihinde ziyarete açılan Depo Müze’nin en önemli özelliği, sergileme bölümünün yanında, depolama koşullarının da ziyaretçiye açık olmasıdır. Türkiye’de ilk kez uygulanan bu yöntemin, dünyada çok az örneği bulunuyor ve müze depolarının izlenebilir kılınması, koleksiyondaki eserlerin depolama koşullarının şeffaflaşmasını da sağlıyor. Müzenin giriş kısmında idari ofisler ve modern bir kafeterya da yer almaktadır.