Tüm nesnelerin renklerini oluşturan moleküllerdir Pigment moleküllerinin harekete geçmesi için belirli bir enerji gereklidir. Renklerin oluşmasındaki diğer tüm aşamalarda olduğu gibi, pigmentlerle ışık arasında da ilişki vardır. Zira dünyaya ulaşan güneş ışığı, canlılarda renk molekülü olarak bilinen söz konusu pigment molekülleri için önemli rol oynar.

Gözün retinasında bulunan koni hücrelerinin üç ana rengi (kırmızı, yeşil ve mavi) algılamasının nedeni de içlerinde bulunan özel pigment molekülleridir.

Pigmentlerin renkler için gerçekleştirdikleri en hayati işlem, kendilerine gelen ışığın renk enerjisini elektrik sinyaline çevirmeleridir. Yani insan gözünde renk diye tanımlanan her şey aslında gözde bulunan pigmentlerin kendilerine gelen ışığın dalga boyunu elektrik sinyali olarak beyne iletmeleridir.

Görünür ışığın sahip olduğu enerji düzeyi, canlıların derilerinde, derilerini kaplayan pullarında, tüylerinde veya kürklerinde bulunan pigment moleküllerini harekete geçirmek için gereken enerji düzeyine eşittir. Görünür ışığın aralığı içinde olan ve belirli renklere karşılık gelen dalga boyları bu pigmentleri harekete geçirerek canlıların renklerini oluşturur.

Çiçeklerin yapraklarındaki renk çeşitliliğinin nedeni ise, yapılarında bulunan pigment moleküllerinin ışığa karşı verdikleri tepkidir. Kısacası, canlıların hem görme merkezlerinde hem de vücutlarında bulunan pigmentler, işleyen diğer vücut sistemleriyle birlikte tam bir uyum halindedir. Bir canlının görme merkezinde özel bir pigment molekülünün bulunmaması veya gerektiğinden az bulunması, onun çevresindeki renkleri ayırt edememesine (Renk körlüğü) neden olur.